歐洲生物信息學研究所攜手全球30個實驗室

最新生物學信息圖表標準發(fā)布

　　物理學家組織網(wǎng)8月11日報道稱，歐洲分子生物學實驗室下屬的歐洲生物信息學研究所（EMBL-EBI），與遍布世界的30個實驗室一起聯(lián)合發(fā)布了一套用圖表表示生物學信息的新標準。如同電子學中的電路圖一樣，該套標準圖表的應(yīng)用將會使生物學研究領(lǐng)域中復雜信息的交流更加容易，使模型變得準確、高效和容易理解。新標準稱為系統(tǒng)生物學圖釋（SBGN），發(fā)表在近期出版的《自然?生物技術(shù)》雜志上。

　　標準化的圖表，做為一種視覺語言，被廣泛應(yīng)用于多個學科領(lǐng)域。使用標準圖表法傳達復雜信息，表意清晰、易于理解。但在圖表信息占據(jù)重要地位的生物學領(lǐng)域，卻一直沒有統(tǒng)一的標準圖表描述所有的生物化學反應(yīng)、路徑和網(wǎng)絡(luò)。

　　2005年，各國的研究人員開始努力開發(fā)一種專門用于分子和系統(tǒng)生物學研究的新圖表標準，即SBGN項目。該項目由日本東京系統(tǒng)生物學研究所的北野宏明發(fā)起，英國辛克斯頓歐洲生物信息學研究所的尼古拉斯?勒?諾瓦克和美國加州理工學院的邁克爾?胡克負責協(xié)調(diào)。研究團隊則包括生物化學家、模型制作人員和計算機科學家。

　　勒?諾瓦克指出，在基因組學時代，特別是高通量技術(shù)出現(xiàn)之后，生物學數(shù)據(jù)的規(guī)?？偭坑辛舜蠓仍鲩L，SBGN會使研究人員更容易了解彼此的模型，更有效地分享數(shù)據(jù)。它將使眾多的系統(tǒng)生物學家從中受益，無論他們研究的重點是生化進程中的哪個環(huán)節(jié)。

　　為了確保新圖表不會變得過于龐大、復雜，研究人員定義了三種不同類型的圖解，互相補充，描述分子過程、實體關(guān)系和生化活動中的各個環(huán)節(jié)。報道稱，SBGN十分簡單，有眾多研究團體的廣泛參與，相信這種表示法將會迅速得到廣泛的應(yīng)用。