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植物萬用RNA提取實驗方案

2013-12-18 09:44:39    作者:何嬙     來源:生物通     瀏覽次數(shù):

  生物通報道在遺傳學研究中,科研人員廣泛地利用RNA來研究不同生物體的基因表達模式。通過了解生物體中RNA的種類和數(shù)量,可以知道哪些基因獲得了表達,從而得到一些負責特定表型的基因的新見解。

  許多的工具,例如新一代測序和定量PCR,都可用于研究基因表達。但這些工具依賴于從目的生物體中抽提到高質(zhì)量的RNA,這可能是一項挑戰(zhàn)性的任務。相比于基因組DNA,RNA更微弱,容易發(fā)生降解。此外,許多的植物組織中充滿了阻礙分離足夠數(shù)量和/或質(zhì)量RNA的淀粉、纖維或抑制分次生化合物。

  盡管已有大量的RNA抽提方案開發(fā)出來,但其中大部分都是植物特異性的,許多是針對特定的作物或是模式生物(如擬南芥),對于構(gòu)成絕大多數(shù)植物多樣性的非模式植物種類,這些方法的應用有點受限。

  來自加州大學伯克利分校的研究人員開發(fā)出了一種適用于所有陸生植物(包括30萬物種)的RNA提取新方案。

  根據(jù)研究的資深作者、加州大學伯克利分校植物和微生物學系副教授ChelseaSpecht所說,這一實驗方案將大大推動非模式植物物種以RNA為基礎的研究。

  “采用這一實驗方案,我們可以從跨越陸生植物多樣性的植物所有類型的組織中,成功地提取出高產(chǎn)量和高質(zhì)量的RNA,其中包括難以采用機械方法進行碾磨,富含淀粉或是充滿次生化合物的組織。”

  論文的主要作者Roxana Yockteng、Specht和同事們在多種陸生植物種類(包括1種苔蘚植物、3種裸子植物和很多的被子植物)以及不同的組織類型(例如葉子、花和球果等)中測試了這一方案。他們能夠從測試樣品中始終如一地獲得大量高質(zhì)量的RNA。

  Specht說,這一實驗方案極其靈活可變;可以輕易地修改實驗方案中的許多步驟,從而適應植物化學和結(jié)構(gòu)的改變。

  “無論你在哪個實驗室或是正在研究哪種植物,你都可以微操控你的RNA提取方案,為自己做出一些小的改變。”

  這一實驗方案的最后還包括一個選擇性的凈化步驟,使得可以從有問題的樣本(例如富含木質(zhì)素或是次生代謝產(chǎn)物)中獲得高質(zhì)量的RNA,且不會造成RNA量的顯著損失。這一步驟是對一種凈化DNA的類似方法進行修改而成。

  Specht說,新實驗方案可廣泛應用于植物遺傳研究中。與RT-PCR、定量PCR或RNA測序(轉(zhuǎn)錄組分析)有關(guān)的基因表達研究均可以采用這一實驗方案來提取必要的高質(zhì)量RNA。此外,研究人員可以利用新一代測序生成的轉(zhuǎn)錄組,開發(fā)出用于系統(tǒng)發(fā)生和植物地理學研究的靶序列捕獲標簽。

  Specht說,能夠?qū)⑦@一實驗方案應用于大量的植物和組織種類,還將有助于對各種譜系的轉(zhuǎn)錄組進行比較分析,使得研究人員能夠?qū)Ω鞣N有趣的進化問題開展調(diào)查。此前這是一個挑戰(zhàn),因為現(xiàn)有的實驗方案在跨越多種系統(tǒng)發(fā)生分歧物種中應用時,通常太具分類群特異性或組織特異性。

編輯:zhaojun

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